يهدف قسم العقاقير بالتكامل مع الأقسام الأخرى للمساهمة في بناء مؤسسة تعليمية متميزة حيث يقوم أعضاء هيئة التدريس بهذا القسم بإجراء الأبحاث في مجالات مختلفة متعلقة بالمنتجات الطبيعية وتدريب الطلاب وفقا لنظام تعليمي متميز وبمتابعة آخر ما توصل إليه العلم في هذا المجال وربط البحث العلمي بحاجة المجتمع والاستفادة من الموارد الطبيعية والمخلفات البيئية في الصناعات الدوائية ومن ثم تخريج صيادلة أكِفَاء صالحين للمنافسة في سوق العمل المحلي والعالمي.

يسعى القسم إلي تحقيق الأهداف التعليمية التالية:

• تطوير البرامج الدراسية لطلبة الكلية واستحداث برامج جديدة تبعا لاحتياجات سوق العمل.

• تنمية قدرات أعضاء هيئة التدريس ومعاونيهم

• تنفيذ الخطة البحثية للقسم وتوجيهها للمساهمة في خدمة المجتمع والبيئة

• توفير الجودة العالية مع التكنولوجيا الحديثة في تدريس علم العقاقير وفى مجال البحوث ليكون للقسم الصدارة في توفير الخبرة التقنية والتعليمية محليا ودوليا.